舞-乙HiME Zwei的舞台是舞-乙HiME动画完结后的一年之后。爱莉卡虽然已经成为了Meister，但显然还不“合格”，须要继续接受玛利亚女士的指导。而另一方面，透过不断的学习，真白也更像一个女王了。某天，新建成的天文台侦测到将有陨石从天而降，万一坠落的话，风花王国及邻近的国家将会无一幸免，Meister们要携手对抗这陨石！而行星エアル有史以来最大的危机，亦由这一刻开始了……